تهدف مصلحة الطب الشرعى أولا وأخيراً إلى تحقيق العداله ورفع الظلم بإستخدام العلوم الطبية الشرعية و الجنائيه المختلفة، ولتحقيق ذلك تحرص مصلحة الطب الشرعى على الأهداف الآتية:

• تتطلع مصلحة الطب الشرعى إلى الحصول على أحدث وأجود الأجهزة فى مجال الطب الشرعى لمواكبة التطور السريع فى علم كشف الجريمة 

• رفع المستوى العلمى لأطباء وخبراء مصلحة الطب الشرعى وتنمية مهاراتهم المهنية، و توفير بيئة عمل أفضل

• تطبيق معايير الجودة فى أداء العمل وإختيار الكيماويات والأدوات المساعده لضمان أعلى مستويات خدمات الطب الشرعى

•  الإعتمادات الدوليه لجودة العمل